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自從歐親王朱以派出訪歐洲列國後，明朝與歐洲的聯絡日益緊密，不僅互設使館建立外交關係，還鼓勵商業貿易和文化交流。在這種背景下，明朝自上而下的開展了一場西學東漸運動，主動吸收歐洲的自然科學知識，許多士族學者已開始探索真實的物質世界，一件件的揭開自然奧秘的偽裝。

這期間，一些歐洲的著作也被翻譯過來，比如李之藻的《渾蓋通憲圖說》、李祖白的《遠鏡說》、陸仲玉的《日月星晷式》，以及徐光啟和義大利耶穌會士利瑪竇合著的《幾何原本》。

一個國家是否強盛先要看她的軍事力量，只有拳頭硬說的話才有人聽，而軍事的強弱依靠科技，科技又依託教育水平，教育的直接體現就是學術著作。這些外來知識中的精華很快便被大明精英掌握，直接推動了明朝在數學、物理、化學、天文等方面的進步，這也是為何李祖白在皇極殿內敢用天體知識來反駁禮部的天譴說。

其實肺鼠疫是一種很常見的傳播疾病，但是死亡率超高，曾經蔓延歐洲的黑死病便是其中一種。在利瑪竇、湯若望等人的幫助下，一些關於鼠疫的資料開始被整理出來，配合《瘟疫論》的一些治驗所得，很快便控制住了甘肅的疫情。這其中空氣傳播學大師吳有性的功勞最大，朱由校早就想一睹尊容，藉故將他召到勤政殿內。君臣二人寒暄過後，吳有性俯身說道：

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